Стены монастыря выдержали осаду поляков в 1609 году. А в 1611 году литовцы с паном Сапегой после двухнедельной осады выжгли монастырь.
Надвратная колокольня (1818) Никитского монастыря.
Никитский собор (1564 год). В XVIII веке построена часовня над столпом св. Никиты.
Церковь Благовещения и трапезная (XVII век).
Монастырь был восстановлен при участии царственной семьи Романовых. В 1643—1645 годах возведена сохранившаяся до наших дней Благовещенская церковь с двухэтажной трапезной палатой и шатровой колокольней.
В 1528 году по приказу Великого князя Московского Василия Третьего на территории обители на месте старой каменной Никитской церкви (посвящённой раннехристианскому мученику) строится каменный Никитский собор. В 1560—1564 годах по приказу царя Ивана Грозного возведено новое здание собора — пятиглавый храм (старая постройка времён Василия Третьего стала южным приделом Никиты Столпника).
На территории и в строениях монастыря в разное время находились Дом отдыха для научных работников, школа, жилые квартиры, горкомхоз, женская колония. В 1933 году был сожжён иконостас Никитского собора.