Благовещенская надвратная церковь, построенная в качестве святых ворот на рубеже XVI—XVII веков, после возведения каменной ограды оказалась внутри монастырских стен.
К Успенской церкви со стороны Диомидовского придела примыкает памятник гражданской архитектуры XVII века — Архимандритский корпус — возведённый между 1628 и 1660 годами.
Успенская трапезная церковь, сооружённая в последней четверти XVI века.
Самым ранним каменным сооружением монастыря является Спасская церковь, поставленная над могилой Евфимия Суздальского в 1507—1511 годах и впоследствии превратившаяся в придел пятиглавого Спасо-Преображенского собора (1594 г.). Сразу после постройки он напоминал Рождественский собор Суздальского кремля, в XVII веке его украсили наружной росписью.
Звонница монастыря состоит из нескольких построенных в разное время зданий — девятигранной столпообразной церкви Рождества Иоанна Предтечи начала XVI века и разнообразно декорированной трёхпролетной галереи звонов XVI—XVII веков. Церковь и галерея соединены башенкой-"часозвоней", где размещены часы с боем. Монастырские колокола XVI века не сохранились: они были отправлены в переплавку в 1930-х годах. В настоящее время звонница имеет 17 колоколов, которые звонят пять раз в день.
Территория монастыря окружена крепостными стенами с двенадцатью мощными башнями, бойницами и амбразурами. Каменные стены были возведены в 1670—1680 гг. вместо более старых деревянных, их протяжённость составляет 1200 метров. Все башни монастыря, кроме явно выделяющейся Проездной (Входной), имеют круглое сечение. Входная башня высотой в 22 метра сложена из красного кирпича, а её массивный прямоугольный объём прорезан двумя проездными арками, над которыми располагаются киоты.
История Спасо-Ефимиева монастыря неразрывно связана с именем национального героя России князем Дмитрием Пожарским - руководителем народного ополчения 1612 года. В XVI-XVII веках Пожарские были крупнейшими вкладчиками в монастырь
В ходе освободительного похода на Москву Дмитрий Михайлович посетил Спасо-Ефимиев монастырь, где получил благославение на ратный подвиг. В 1642 году согласно завещанию князь был захоронен в родовой усыпальнице на территории монастыря.
Каменный крест над могилами рода Пожарских. На территории монастыря был фамильный некрополь князей Пожарских и Хованских. В апреле 1642г. здесь был похоронен князь Дмитрий Пожарский, национальный герой борьбы с польско-литовскими войсками. В 1885 году на собранные народные средства над могилой Пожарского был сооружён памятник. В 1933 году памятник был разрушен.
Склеп князя Пожарского. В некрополе в XVII веке была поставлена часовня-усыпальница («палатка родителей»). В XVIII веке после указа Екатерины II о секуляризации монастырских земель некрополь был разорен разгневанной братией, а часть плит пущена в ход как строительный материал. Тогда же была разрушена и часовня. Только после Отечественной войны 1812 года имя князя Д.М.Пожарского снова вспомнили.
Единственный сохранившийся фрагмент восточного фасада мавзолея Д.И. Пожарского. В 1933г. усыпальница была разобрана, часть плит каррарского мрамора отправилась в Москву. Практически все иконы и прочее внутреннее убранство было утрачено
Бронзовая дверь в новый мавзолей Д.И. Пожарского с барельефом и горельефом выполнены в мастерских Российской академии художеств. Новый мавзолей поставлен не на месте прежней усыпальницы, а немного дальше от апсид собора.
Стена современного мавзолея Д.И. Пожарского. 10 ноября 2009 года мавзолей был освящен архиепископом Владимирским и Суздальским Евлогием. На месте прежней часовни-усыпальницы установлен памятный каменный крест.
В 1766 году по указу Екатерины II на территории обители открывается тюрьма для "безумствующих колодников". Узниками её становятся сарообрядцы, сектанты, религиозные и политические вольнодумцы. Тюрьма просуществовала до начала XX столетия.
Сад.
Аптекарский огород.